南京晓庄学院国际交流合作始于2000年，前身为校外事办公室，先后更名国际交流处，国际合作与交流处。学校留学生招生工作始于1999年，2003年成立东方文化国际交流学院，2011年正式更名海外教育学院。随着学校国际交流合作的职能和范围不断扩大，2023年部门更名为国际合作与交流处（台港澳事务办公室、海外教育学院合署）。